Wyjątkowo niebezpieczne jest zjawisko polipragmazji, czyli przyjmowanie wielu leków jednocześnie. Wiele osób, przekonanych o całkowitym bezpieczeństwie fitoterapii, stosuje leki roślinne bez umiaru. Równoczesne przyjmowanie kilku preparatów wiąże się z ryzykiem wystąpienia niekorzystnych interakcji. Interakcje z lekami syntetycznymi dają między innymi jeżówka (z innymi lekami hepatotoksycznymi), korzeń żeń-szenia (np. z estrogenami, kortykosteroidami, digoksyną) oraz korzeń kozłka lekarskiego (z barbituranami). Wiele surowców roślinnych może także nasilać działanie przeciwkrzepliwe, takich leków jak warfaryna czy aspiryna. Osoby przyjmujące te leki powinny unikać między innymi preparatów miłorzębu, czosnku i arcydzięgla. Podczas wizyty lekarskiej należy zatem informować o wszystkich przyjmowanych lekach, także tych pochodzenia roślinnego.
Na leki ziołowe powinny szczególnie uważać osoby cierpiące na alergię. Preparaty roślinne mogą wywołać reakcję alergiczną, objawiającą się na przykład obrzękiem krtani, atakiem duszności, katarem siennym lub zmianami skórnymi. Niektóre surowce roślinne (np. arcydzięgiel, dziurawiec) mogą także wywołać nadwrażliwość na światło słoneczne.
Warto także zauważyć, że nie wszystkie rośliny charakteryzują się działaniem leczniczym. Wiele z nich może bowiem być trująca, np. żmijowiec zwyczajny. Toksyczne mogą być jednak także gatunki wykorzystywane w lecznictwie. Mogą one wpływać szkodliwie, na przykład na ośrodkowy układ nerwowy (pokrzyk wilcza jagoda, mak lekarski), serce (konwalia majowa), nerki (szczaw, rabarbar) czy wątrobę (podbiał pospolity, glistnik jaskółcze ziele).
Stosowanie fitoterapii jest na pewno bardzo cenną metodą samoleczenia. Należy jednak pamiętać, że nie we wszystkich schorzeniach zioła są w pełni bezpieczne i skuteczne. Warto zatem radzić się lekarzy i farmaceutów przed podjęciem decyzji o zakupie leku roślinnego.