Tak naprawdę obie techniki mezoterapii służą tym samym rezultatom, różnią się przede wszystkim sposobem wykonania oraz częstotliwością konieczną dla osiągnięcia pożądanego efektu. Innymi słowy, mezoterapia igłowa szybciej przynosi efekty – podobne rezultaty można uzyskać po mniejszej liczbie zabiegów mezoterapii igłowej niż bezigłowej. Mezoterapia bezigłowa jest dla tych, którzy odczuwają dużą awersję przed igłą. Co prawda trzeba powtórzyć ją więcej razy niż igłową, ale zabieg jest bezbolesny i nieinwazyjny. Dodatkową zaletą mezoterapii igłowej jest możliwość zaaplikowania większej ilości substancji w głębsze warstwy skóry. Ostatnia różnica dotyczy ceny: cena pojedynczego zabiegu mezoterapii bezigłowej jest niższa, ale w sytuacji, gdzie trzeba zwiększyć ich częstotliwość, różnica kosztów maleje.